Shinichi Kudo est un jeune homme de 17 ans, joueur de foot accompli, étudiant dans la célèbre école de détectives. Il est brillant et son modèle n'est autre que le héros de Conan Doyle, Sherlock Holmes. Au cours d'une enquête, il surprend un marché douteux mais est fait prisonnier. Plutôt que de le tuer, les bandits menés par un homme en oir lui font absorber un poison bien étrange. Shinichi se voit alors transformé en garçonnet ...